Biographie
Jusqu'à l'âge de six ans, John a vécu dans la cité d'Elysium sur la planète Eridanus II. Il était assez grand pour son âge, mesurant près d'un pied de plus que ses camarades - signe d'une corpulence physique parfaite pour le projet - nom de code "SPARTAN II"

À l'âge de six ans, John et d'autres enfants de son âge furent enlevés en secret et remplacés par leurs copies génétiques, des clones temporaires. Ces types de clones ont été utilisés tout d'abord afin de s'assurer qu'aucune des familles ne remarque que leur enfant avait été enlevé, deuxièmement ces clones étaient programmés pour mourir rapidement, de façon à ce que que les parents ne recherchent jamais après leur enfant "perdu".

Très tôt, John affirme son autorité parmis les enfants Spartans, et peu de temps se passa avant qu'il ne soit nommé chef du groupe.

Au bout de six ans de formation des Spartans, John et ses camarades Spartans ont été biologiquement modifiés et perfectionnés. Les opérations suivantes ont été effectuées :

5 – Super conduction et fabrication de réseaux de neurones : Altération de liaisons nerveuses bioélectriques afin de se protéger de liaisons électroniques. 300% d’augmentation sur le réflexe des patients. Des preuves anecdotiques montrent l’accroissement de l’intelligence, la mémoire, et la créativité.

• Ossification céramique et carbone : greffe de matériaux avancés sur les os pour rendre ceux-ci très résistants.
  
• Injections complexes de protéines de façon intra-musculaire pour augmenter le volume des muscles et pour réduire le temps de récupération.
• Injection d'hormones de croissance dans la Thyroïde pour accélérer la croissance du squelette et des tissus musculaires.
• Renversement des capillaires oculaires : émergence et augmentation des vaisseaux sanguins sous la cornée de la rétine du sujet. Produit une remarquable accentuation de la perception visuelle.
• Super conduction et fabrication de réseaux de neurones : Altération de liaisons nerveuses bioélectriques afin de se protéger de liaisons électroniques. 300% d’augmentation sur le réflexe des patients. Des preuves anecdotiques montrent l’accroissement de l’intelligence, la mémoire, et la créativité.

Ces opérations comportaient beaucoup de risques, et seuls 32 Spartans restaient encore fonctionnels. 12 autres ont souffert de complications médicales et leur furent attribuées des fonctions à des postes stratégiques. Le reste ne survit pas. John, pendant ce temps avec les Spartans, fut considéré comme le plus "chanceux" et fut le premier à tester l'armure de combat MJOLNIR.

Selon les développeurs de chez Bungie, le Master Chief mesure 7 pieds de haut (soit un peu plus de 2,1 m) et pèse 1000 livres (soit 450 kg) dans son armure de combat MJOLNIR Mark V. Sans son armure MJOLNIR, le Master Chief mesurerait 2 mètres et pèserait 130 Kilos de muscles sur-développés et d'os renforcés.

Avant la Bataille de Reach, il avait combattu dans 207 affrontements contre les Covenants et reçu un tas d'importantes décorations...sauf la médaille de Prisonnier de guerre. C'est également à cette époque qu'il a été choisi comme le meilleur candidat Spartan par le Dr Halsey pour travailler avec Cortana et la protéger. Elle dit que bien qu'il ne soit ni le plus fûté, ni le plus fort ou le plus rapide des Spartans, c'est le mieux équilibré, possédant chacune de ces qualités dans de bonnes proportions, il est aussi le plus courageux des Spartans et très probablement le plus "chanceux" d'entre eux.

Théoriquement, au moment des évènements de Halo 1, il est âgé de 41 ans dans la "réalité". Cependant, durant les 27 années de guerre contre les Covenants, les vaisseaux du CSNU ont du avoir recours à des sauts dans le sous-espace pour voyager d'un système à l'autre (de bataille en bataille). Il est indiqué sur le site officiel que les "voyages Plus-Rapides-que-la-Lumière ne sont pas instantanés, les sauts "courts" peuvent prendre jusqu'à deux mois ou plus, et les plus longs peuvent durer six mois ou plus." On apprend également dans les romans que le personnel du CSNU entre dans une phase de sommeil profond dans des tubes cryogéniques durant les voyages PRL (Plus Rapides que la Lumière). En conséquent, puisqu'on sait que l'Adjudant et ses Spartans ont participé à presque toutes les batailles dans les colonies intérieures ou extérieures, l'âge biologique de l'Adjudant devrait être beaucoup plus jeune, car il est la plupart du temps en état de cryogénisation durant les voyages d'un système à l'autre et ne vieillit presque pas durant ce processus. Ceci explique aussi pourquoi le Dr Halsey n'est pas aussi vieille qu'elle devrait l'être dans les romans.

Halo : La Chute de Reach

La première mission de l'Adjudant John-117 était contre des rebelles dans la ceinture d'astéroides du Système Eridanus, où sa planète natale se situait. Il a été légèrement blessé tandis qu'il commandant son groupe en vue de capturer le Colonel Robert Watts, le chef des rebelles. Il fut décoré de la Purple Heart après la mission.

Plus tard, il fut briefé à propos de la menace Covenant, lui et ses Spartans allaient lutter durant les trente années à venir contre cette nouvelle menace...

Halo : Combat Evolved

Après un grand nombre de batailles dans la guerre Humano-Covenant, et après avoir survécu à la Chute de Reach, il embarqua à bord du Pillar of Autumn. Le Pillar of Autumn a été plus tard attaqué par les Covenants et fut forcé d'atterrir sur Halo, l'installation 04 "Alpha". Au cours du combat contre les Covenants, Jacob Keyes découvra le secret de Halo, qu'il s'agissait d'une construction en forme d'anneau créée par les Forerunners pour servir de dernière ligne de défense contre de nouvelles sortes d'extra-terrestres appelées les Floods, qui ont été libérés à un certain moment par les Forerunners ou leurs serviteurs; la majorité des Covenants et forces du CSNU qui se trouvaient sur Halo ont été infectés par les Floods. Jacob Keyes et un petit groupe de marines furent les premiers humains à rencontrer les Floods libérés par les Covenants. Keyes a été plus tard capturé par les Floods, il est mort peu de temps après. L'Adjudant était alors chargé de retrouver l'Index pour 343 Guilty Spark, une clé qui activerait Halo et détruirait toute vie dans un large périmètre. Plus tard, Cortana le mit au courant de la vérité au sujet de l'installation (que c'était une arme d'une puissance inimaginable) et le chargea de protéger l'Index de 343 Guilty Spark aussi longtemps que possible. Tout en étant attaqué par les Covenants, les Floods et Sentinelles Forerunners, il retourna par ses propres moyens au Pillar of Autumn et provoqua la destruction de Halo. Un petit nombre de membres des forces du CSNU survécurent, y compris le Sergent Johnson.

Halo 2 et Halo : First Strike

First Strike
L'Adjudant John-117 et les autres Spartans ainsi que le Dr.Halsey sont sur Reach dans ce roman qui relie Halo : La Chute de Reach avec Halo : CE et Halo 2. Il y avait 7 autres Spartans qui l'aidèrent à capturer un vaisseau Covenant, aller chez les Rebelles d'Eridanus et détruire la Station Spatiale Covenant, Hiérophante Inflexible. Linda-058 était un autre Spartan embarqué sur le Pillar of Autumn, conservée dans un état cryogénique en raison des dommages corporels subis quand elle et le Master Chief détruisirent la base de données contenant les coordonnées que cherchaient les Covenants pour trouver la Terre. Anton et Li, Spartans aussi, perdèrent la vie pendant la réparation des commandes de saut dans le sous-espace, à bord du vaisseau Covenant capturé, l'Ascendant Justice. De plus, deux autres Spartans, Isaac et Vinh, ayant survécu à la première attaque sur Reach avec Fred, Linda, Kelly, Anton, Li, Grace ainsi que Will et le Dr. Catherine Halsey mais se sont sacrifiés  en pleine bataille contre un bataillon entier de Covenants tout en faisant sauter une bombe. Cet acte désespéré a décimé plus de la moitié des troupes Covenants. Seuls restaient Grace, Kelly, Will, Fred, Linda et John. Grace perdit la vie à bord de l'Hiérophante Inflexible, laissant quatre autres Spartans avec John-117 qui revint sur Terre. Le Dr. Halsey, responsable du projet Spartan-II administre des anesthésiques à Kelly et l'emmène avec elle pour une mission que John et les autres ne connaissent pas. John n'a plus eu de nouvelles des autres.

Halo 2
L'armure MJOLNIR Mark V du Master Chief a été remplacée par des techniciens à bord de la station orbitale Le Caire pour un modèle Mark VI. Il a assisté à une courte cérémonie de remises de médailles à bord de la station, qui a été interrompue par l'abordage des Covenants, qu'il a repoussés. Il a détruit un de leurs vaisseaux avec leur propre bombe prévue pour la destruction de la station du Caire. Il a débarqué à New Mombasa, le gouvernement unifié d'Afrique de l'Est, pour combattre les troupes Covenants débarquées. Il est monté à bord d'un Scarab et l'a détruit avec le soutien d'un petit peloton de marines et a poursuivi la force principale d'invasion Covenant à bord de l'In Amber Clad jusqu'à l'installation 05 "Delta", où il a tué un des Hauts Prophètes, Le Prophète du Regret, commandant des forces d'invasion Covenant.

Il a été capturé par le Fossoyeur alors qu'il s'échappait du  temple majeur du Prophète et rencontra son alter ego Covenant, un Élite, L'Arbiter, et ils s'allièrent pour empêcher à temps les Covenants d'activer Halo Delta, John-117 infiltra Grande Bonté pour arrêter le Prophète de la Vérité tandis que l'Arbiter se chargea d'empêcher Tartarus d'activer l'Anneau.

À la fin, Cortana décida de rester à bord de Grande Bonté afin d'assurer la destruction de Halo Delta en déclenchant l'auto-destruction du vaisseau si nécessaire. Entretemps, l'Adjudant suiva le dernier Haut Prophète jusqu'à un vaisseau Forerunneur lancé à destination de l'Arche sur Terre. En entrant dans le Système Solaire, SPARTAN-117 informa ses supérieurs et camarades du CSNU qu'il avait l'intention de "terminer ce combat".